根据《反恐怖主义法》的规定，国家认定恐怖活动组织和人员的机构是：
本题考查法律常识。根据《反恐怖主义法》第十二条“国家反恐怖主义工作领导机构根据本法第三条的规定，认定恐怖活动组织和人员，由国家反恐怖主义工作领导机构的办事机构予以公告。”和第十三条“国务院公安部门、国家安全部门、外交部门和省级反恐怖主义工作领导机构对于需要认定恐怖活动组织和人员的，应当向国家反恐怖主义工作领导机构提出申请。”
A项：错误，国务院公安部门对于需要认定恐怖活动组织和人员的，应当向国家反恐怖主义工作领导机构提出申请。
B项：错误，国家安全部门对于需要认定恐怖活动组织和人员的，应当向国家反恐怖主义工作领导机构提出申请。
C项：错误，外交部门对于需要认定恐怖活动组织和人员的，应当向国家反恐怖主义工作领导机构提出申请。
D项：正确，国家反恐怖主义工作领导机构认定恐怖活动组织和人员。
故正确答案为D。
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